ตลอดเวลาในประวัติศาสตร์เขมรอยู่ใต้การปกครองของไทยและเวียดนาม ฉะนั้นเมื่อเปลี่ยนมาเป็นฝรั่งเศสเข้าปกครอง ในทัศนะของชาวเขมร ฝรั่งเศสมิใช่ผู้ที่มีความแปลกประหลาดแต่อย่างใด ฝรั่งเศสจึงสามารถปกครองเขมรได้อย่างสะดวกสบาย ฝรั่งเศสแสวงหาผลประโยชน์ในเขมร โดยมีปัจจัยหลายประการซึ่งมีส่วนในการกำหนดนโยบายของฝรั่งเศสในเขมร ปัจจัยที่ สำคัญได้แก่
1. เขมรมีความสำคัญทางภูมิศาสตร์ต่อการเมืองของฝรั่งเศสและผลประโยชน์ทางการค้า เขมรมีพรมแดนอันยาวเหยียดกับประเทศไทย มีแม่น้ำโขงซึ่งกว้างใหญ่ไหลผ่าน ฝรั่งเศสคาดหวังว่าจะแล่นเรือไปตามแม่น้ำโขงเพื่อไปยังจีน
2. การควบคุมเขมรจะเป็นการป้องกันไทยมิให้ขยายอำนาจไปทางตะวันออก ในขณะเดียวกันก็เป็นการถ่วงดุลย์อำนาจกับอังกฤษซึ่งมีผลประโยชน์อยู่ในประเทศไทย
3. เพื่อความปลอดภัยและความมั่นคงในการปกครองโคชินไชน่า จึงจำเป็นที่จะต้องควบคุมนโยบายต่างประเทศของเขมร
ความขัดแย้งระหว่างพระเจ้านโรดมกับฝรั่งเศส
ความขัดแย้งระหว่างพระเจ้านโรดมกับฝรั่งเศสได้เพิ่มมากขึ้นเรื่อย ๆ และปรากฏเห็นเด่นชัดในปี ค.ศ. 1870 เมื่อฝรั่งเศสพยายาม บีบพระเจ้านโรดมให้ปฏิรูปเขมรทำให้พระเจ้านโรดมไม่พอใจฝรั่งเศส ฝรั่งเศสจึงพยายามหาเชื้อพระวงศ์ที่นิยมฝรั่งเศสขึ้นเป็นกษัตริย์แทนพระเจ้านโรดม บุคคลที่ฝรั่งเศสหมายตาที่จะสนับสนุนให้เป็นกษัตริย์แทนพระเจ้านโรดมก็คือเจ้าศรีสวัสดิ์ซึ่งเป็นลูกพี่ลูกน้อง ต่อมาเจ้าศรีสวัสดิ์และขุนนางหลายคนร่วมมือกันก่อการกบฏต่อพระเจ้านโรดม พระเจ้า นโรคมไม่สามารถปราบปรามกบฏได้ถ้าหากไม่ได้รับความร่วมมือจากฝรั่งเศส ฝรั่งเศสได้โอกาส ที่จะบีบเจ้านโรดมให้ปฏิบัติตามที่ฝรั่งเศสต้องการ

พระเจ้านโรดมไม่หยุดยั้งในการขัดขวางฝรั่งเศสซึ่งพยายามจะควบคุมและจำกัดอำนาจของพระองค์มากขึ้นทุกที ยกตัวอย่างเช่น พระองค์ได้คัดค้านอย่างรุนแรงในกรณีมีการประชุมระหว่างไทยกับฝรั่งเศสที่เรียกว่า Franco-Thai Convention ค.ศ. 1867 การเจรจาระหว่างสองประเทศมิได้ปรึกษาพระองค์เลย และสองประเทศได้ตกลงกันว่าฝรั่งเศสจะยกพระตะบองและเสียมราษฎร์ให้แก่ไทย เพื่อแลกเปลี่ยนกับฝ่ายไทยที่จะประกาศยอมรับเขมรอยู่ใต้อารักขาของฝรั่งเศส
ฝรั่งเศสเข้าแทรกแซงในเขมรมากขึ้นทุกที พระเจ้านโรดมกริ้วฝรั่งเศสมากที่สุดในเมื่อ ฝรั่งเศสพยายามเปลี่ยนแปลงขนบธรรมเนียมและวิถีทางชีวิตของชาวเขมรและสถาบันกษัตริย์เขมร ขณะเดียวกันเชื้อพระวงศ์ได้ก่อกบฏต่อพระองค์อยู่เรื่อย ๆ ซึ่งพระเจ้านโรดมไม่สามารถปราบปรามได้และจำต้องพึ่งฝรั่งเศส ฝรั่งเศสเสนอเงื่อนไขว่าจะร่วมมือในการปราบแต่พระเจ้านโรดมจะต้องปฏิบัติตามที่ฝรั่งเศสบงการ ด้วยวิธีการนี้ทำให้พระเจ้านโรดมจำต้องปฏิบัติตามที่ฝรั่งเศสต้องการ เพราะฝรั่งเศสขู่ว่าจะปลดพระเจ้านโรดมออกจากตำแหน่งถ้าไม่ปฏิบัติตามความประสงค์ของฝรั่งเศส ในปี ค.ศ. 1879 ฝรั่งเศสได้ตัดทอนอำนาจของพระเจ้านโรดมลงอย่างมากมาย
ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1885 ชาวเขมรได้ลุกฮือขึ้นต่อต้านฝรั่งเศสด้วยอาวุธ สิ้นปี ค.ศ. 1886 ฝรั่งเศสปราบพวกกบฏเขมรจนราบคาบ ฝรั่งเศสยินยอมให้พระเจ้านโรดมเป็นกษัตริย์ต่อไป แต่ถูกห้ามมิให้เคลื่อนไหวในทางเป็นปฏิปักษ์ต่อฝรั่งเศส
ในปี ค.ศ. 1904 พระเจ้านโรดมสิ้นพระชนม์ เจ้าศรีสวัสดิ์ได้รับการสนับสนุนให้ขึ้นเป็นกษัตริย์และเป็นกษัตริย์ที่ยอมอยู่ใต้การบงการของฝรั่งเศสทุกประการ ฝรั่งเศสจึงสามารถปกครองเขมรได้อย่างสะดวกสบายโดยไม่มีการต่อต้าน
การปกครองของฝรั่งเศสในเขมร
ฝรั่งเศสมีบทบาทในการบริหารงานทั้งหมดในด้าน การศาล การเงิน และการค้า โดยรัฐบาลฝรั่งเศส ซึ่งมีข้าหลวงใหญ่ (Resident) เป็นผู้บังคับบัญชา ชาวฝรั่งเศสจัดการเรื่องภาษีรายได้ของประเทศ ไปรษณีย์ การเกษตร การป่าไม้ การสาธารณสุข การบริการอื่น ๆ ตลอดจนการจัดการศึกษาแห่งชาติ ฝรั่งเศสมีกองทัพและตำรวจสำหรับควบคุมเขมร กษัตริย์ เขมรมีอำนาจสูงสุดในแผ่นดินเพียงในนามเท่านั้น แต่ยังได้รับการจงรักภักดีจากพวกพระและราษฎรกัมพูชาอยู่
ในปี ค.ศ. 1907 ฝรั่งเศสได้นำเอา 3 จังหวัดคือ พระตะบอง ศรีโสภณ และเสียมราชมารวมกับเขมร เมื่อฝรั่งเศสได้ปกครองเขมรแล้ว ฝรั่งเศสได้พัฒนาการปลูกข้าวทางภาคตะวันตกของเขมรได้ผลดียิ่งขึ้น ฝรั่งเศสได้พัฒนานครวัดที่ทิ้งไว้รกร้างให้กลายเป็นแหล่งทัศนาจร และได้ศึกษาค้นคว้าประวัติศาสตร์เขมรอย่างกว้างขวาง ซึ่งนับว่าเป็นคุณงามความดีของฝรั่งเศสอย่างหนึ่ง แต่ในเรื่องการปกครองเขมร ฝรั่งเศสได้ก่อให้เกิดผลร้ายแก่เขมรมากกว่าที่จะเกิดผลดี
ฝรั่งเศสได้ฝึกฝนชาวญวนเพื่อนำมาช่วยฝรั่งเศสปกครองเขมรมากกว่าที่จะคิดฝึกฝนชาวเขมร เพื่อนำมาใช้ในการบริหารประเทศ ประมาณกันว่าในขณะที่ฝรั่งเศสปกครองเขมร นั้นได้มีชาวเวียดนามอพยพไปอยู่ในเขมรถึง 3 แสนคน และฝรั่งเศสได้ให้ชาวจีนอพยพไปอยู่ในเขมรอีกราวสองแสนห้าหมื่นคน โดยโครงการนี้ทำให้ชาวจีนกลายเป็นผู้ถือบังเหียนทางเศรษฐกิจของเขมร อันเป็นปัญหาของรัฐบาลเขมรเรื่อยมาจนถึงปัจจุบันที่จะพยายามดึงเอาอำนาจทางเศรษฐกิจกลับคืนมาสู่มือของชาวเขมร แต่ก็ทำไม่ได้เพราะชาวเขมรส่วนใหญ่เป็นพ่อค้าที่ไม่ร่ำรวย ส่วนพ่อค้าชาวจีนร่ำรวยสามารถส่งบุตรหลานไปเรียนต่อยังฝรั่งเศสได้ ในเวลาต่อมาเศรษฐกิจของเขมรยังคงตกอยู่ในมือของคนจีน
ในด้านเศรษฐกิจ ฝรั่งเศสใช้นโยบายเศรษฐกิจในเขมรเช่นเดียวกับในเวียดนาม แต่ฝรั่งเศสไม่ค่อยได้สนใจเขมรเท่าใดนัก เพราะเขมรไม่มีทรัพยากรอุดมสมบูรณ์มากนัก ดังนั้นเขมรภายใต้การปกครองของฝรั่งเศสจึงมิได้พัฒนาให้ก้าวหน้าไปเท่าที่ควร ด้านการศึกษา ในเขมรมิได้รับการเอาใจใส่เท่าที่ควร ฝรั่งเศสปล่อยให้การศึกษาภาคประถมศึกษาดำเนินไปตามระบบเดิมที่เคยมีมาแต่โบราณ คือโรงเรียนวัด โรงเรียนประเภท Senior School เพิ่งจัดตั้งขึ้นในปี ค.ศ. 1935 จำนวนนักศึกษาเขมรที่เรียนจบชั้นปริญญาในปี ค.ศ. 1939 มีเพียง 4 คน ไม่มีสถาบันการศึกษาชั้นสูงในเขมร มีคนจบปริญญาทางการอยู่ในขั้น แพทย์เพียงคนเดียวก่อนสงครามโลกครั้งที่ 2 จึงเชื่อได้ว่าการสาธารณสุขเขมรคงเลวมากทีเดียว ในเขมรไม่มีการสร้างโรงเรียนฝึกหัดครู ดังนั้นสถาบันที่สอนระดับ High School ของเขมรจึงต้องใช้ครูฝรั่งเศสทั้งหมด
เมื่อฝรั่งเศสไม่สนใจที่จะปรับปรุงประเทศเขมร ฝรั่งเศสสนใจแต่เพียงกอบโกยผลประโยชน์อย่างเดียว สังคมในเขมรจึงไม่ค่อยมีการเปลี่ยนแปลงมากนัก สถาบันโบราณของเขมรยังคงอยู่ต่อไปเช่น สถาบันกษัตริย์ ศาสนา ระบบประเพณี แนวความคิดใหม่ ๆ ที่ชาวเขมรได้รับจากตะวันตกนั้นมีน้อยมาก ทั้งนี้เพราะชาวเขมรมิได้รับการเอาใจใส่ในเรื่องการศึกษา ฝรั่งเศสใช้ชาวเวียดนามที่ได้รับการอบรมเข้ามาช่วยฝรั่งเศสบริหารงานในเขมร มากกว่าที่จะอบรมชาวเขมรให้รู้จักการทำงาน ดังนั้นเมื่อชาวเวียดนามอพยพกลับ เขมรจึงขาดคนที่จะเข้ามารับช่วงงานบริหารประเทศ
